Nel 1990 è stato istituito (delibera della Giunta Regionale 3039/1990) il Centro Regionale di Riferimento.

Dal 1990 al 1992 è stato diretto dal Prof. Giuseppe Gozzetti, già Direttore dell' Istituto di Clinica Chirurgica II, scomparso nel 1995.

Dal 1993 la direzione pro-tempore del CRT-ER è stata affidata al Prof. Gerardo Martinelli, Responsabile della Sezione di Anestesia e Rianimazione del Dipartimento di Chirurgia, Anestesia e dei Trapianti d'organo della Università degli Studi di Bologna.

Dal 1995 il Centro è regolamentato dalla Legge Regionale 53/1995 e dalle direttive del Comitato di Gestione da allora istituito.

In data 9 Settembre 1996 la Consulta Nazionale Trapianti ha specificato le funzioni dei Centri Regionali di Riferimento e dei Centri Interregionali di Coordinamento.

Nel 1998 il Comitato di Gestione del Centro di Riferimento per i Trapianti della Regione Emilia-Romagna ha recepito l'atto della Consulta ed ha approvato un proprio protocollo di intesa sull'assetto e le funzioni del Centro Regionale in vigore a tutti gli effetti.

Nel 1999 e' stato disegnato l'attuale Sistema Regionale:
- Delibera G.R. n. 2284/99
- Delibera G.R. n. 2285/99
- Delibera G.R. n. 2286/99

Dal 6 giugno 2000 la Dott.ssa Lorenza Ridolfi è stata nominata coordinatore regionale e del Centro Regionale per i Trapianti (Delibera G.R. n. 906/2000), incarico rinnovato con la Delibera G.R. n. 1105/2009.