Il CRT-ER svolge le seguenti funzioni:
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coordina le attività di raccolta e di trasmissione dei dati relativi alle persone in attesa di trapianto;
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coordina le attività di prelievo e i rapporti tra i reparti di rianimazione presenti sul territorio e le strutture per i trapianti, in collaborazione con i coordinatori locali;
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assicura il controllo sull'esecuzione dei test immunologici necessari per il trapianto avvalendosi di uno o più laboratori di immunologia per i trapianti allo scopo di assicurare l'idoneità del donatore;
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procede all'assegnazione degli organi in applicazione dei criteri stabiliti dal Centro nazionale, in base alle priorità risultanti dalle liste delle persone in attesa di trapianto;
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assicura il controllo sull'esecuzione dei test di compatibilità immunologica nei programmi di trapianto nel territorio di competenza;
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coordina il trasporto dei campioni biologici, delle èquipes sanitarie e degli organi e dei tessuti nel territorio di competenza;
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cura i rapporti di collaborazione con le autorità sanitarie del territorio di competenza e con le associazioni di volontariato.
Figura chiave dell’attività del CRT-ER è il coordinatore regionale alla donazione, nominato dalla giunta regionale, che ha il ruolo di promuovere nel territorio della regione iniziative di carattere organizzativo, gestionale, di formazione e di informazione sulle attività di donazione e prelievo di organi.
Nello svolgimento dei propri compiti il coordinatore collabora con la rete dei coordinatori locali, con le Direzioni Sanitarie degli Ospedali sede di Rianimazione e con le Associazioni di volontariato e dei Pazienti.
Il CRT-ER dal 1 luglio 2006 al 31 dicembre 2009 ha svolto anche le funzioni di Centro Interregionale Trapianti AIRT del quale fanno parte oltre, all’Emilia-Romagna, anche Piemonte, Toscana, Puglia, Val d’Aosta e Provincia autonoma di Bolzano, assicurando il coordinamento delle donazioni e dei trapianti nell'area di competenza, e gli scambi di organi con le altre due associazioni interregionali: Nord Italia Transplant program (NITp) e Organizzazione Centro Sud Trapianti (OCST).